Nach 20 Jahren Knechtschaft unter der Allianz, versucht eine Handvoll Rebellen sich gegen das Regime aufzulehnen. Die fünf hochtrainierten Gundam-Piloten Heero Yuy, Quatre Raberba Winner, Duo Maxwell, Chang Wu Fei, Trowa Barton werden unabhängig voneinander von der Rebellen-Basis zur Erde geschickt: Dort sollen sie in der „Operation Meteor“ die Regierung der Weltallianz stürzen, deren Geheimgesellschaft OZ die Weltraumkolonien mit Tyrannei und ihren grausamen OZ-MS (Mobile Suit-Maschinen) unter Kontrolle halten will. Die fünf Elite-Kämpfer – allesamt erst fünfzehn Jahre alt und ausgerüstet mit ihren weiter entwickelten, fast unzerstörbaren Mobile Suits, den so genannten Gundams – sollen in unterschiedlichen Regionen der Erde mit Guerilla-Taktik die Rebellion der Weltall-Kolonien vorbereiten. Von den Elite-Piloten muss vor allem Heero Yuy die gefährlichsten Abenteuer bestehen, aber mit Hilfe seiner Freunde gelingt es ihm, sich gegen einen übermächtigen Feind und seinen wehrhaften OZs-Mobile Suits zur Wehr zu setzen.