The Looming Tower verfolgt die wachsende Bedrohung durch Osama bin Laden und dessen Terrornetzwerks al-Qaida in den späten 1990er-Jahren und wie die Rivalität zwischen dem FBI und der CIA in dieser Zeit unbeabsichtigt den Weg für die Terroranschläge vom 11. September 2001 bereitet hat.

Sie folgt Mitgliedern des I-49 Squad in New York und der Alec Station in Washington, DC, der Anti-Terror-Divisionen des FBI und der CIA, während sie um die Welt reisen und um das gleiche Ziel kämpfen: einen bevorstehenden Angriff auf US-Boden zu verhindern.