Dr. Elisabeth Weir (Torri Higginson) und Lieutenant Colonel John Sheppard (Joe Flanigan) leiten ein Team von Weltraumspezialisten. Ihre Mission ist es, die sagenumwobene, verlorene Stadt Atlantis in der weit entfernten Pegasus-Galaxie zu finden. Bald stellt sich heraus, dass ihre Energie nicht für eine Rückkehr zur Erde reicht. So bleibt ihnen einstweilen nur die Hoffnung auf ein Wunder. Auf ihrer Reise stoßen sie auch tatsächlich auf Technologien, die ihnen helfen können, und auf Verbündete. Ebenso aber auch auf große Gefahren und Gegner.