Just Because! spielt im Winter zum Ende des zweiten Semesters des letzten Jahres an der Oberschule und während den Schülern nicht mehr viel Zeit bleibt, warten sie eigentlich nur noch darauf, endlich ihren Abschluss zu machen. Als jedoch ein neuer Schüler an die Schule wechselt, verändert sich das restliche Oberschulleben von vier Jugendlichen komplett. Den vieren ist der Neue nämlich nicht unbekannt, waren sie doch gemeinsam auf der Mittelschule, bevor dieser wegzog.