Die 16-jährige Mai Tokiha kommt dank eines Stipendiums an die Fuuka Gakuen. Schon auf dem Weg zur Schule wird sie in einen Kampf zwischen zwei HiME verwickelt, währenddessen entdeckt sie, dass sie selbst ebenfalls ungewöhnliche Kräfte besitzt. Nach kurzer Zeit bekommt sie einen Child genannten Helfer mit Namen Kagutsuchi, welcher als mächtiger weißer Drache Feuerattacken beherrscht.

In der Schule angekommen lernt Mai nach und nach immer mehr Mädchen kennen, die über übermenschliche Kräfte verfügen und muss sich den Orphan genannten Monstern entgegenstellen, welche das Schulgelände und die angrenzende Gegend unsicher machen.