Im Jahr 2031 taucht ein mächtiges, dolchförmiges Artefakt namens »Buch des Todes« auf dem Grund des Pazifiks auf und verursacht seltsame Mutationen bei den Meeresbewohnern. Die neu entstandenen Wesen werden »Hadeans« genannt und stellen durch ihre rasante Vermehrung eine Bedrohung für die menschliche Bevölkerung dar.

Zur Erforschung und zum Schutz vor den »Hadeans« wird die N.I.D.F. (Neo International Defence Force) ins Leben gerufen. Sie hofft, mit Hilfe des »Buch des Todes«, die Invasion aus dem Meer verhindern zu können.

Doch bevor ihre Wissenschaftler es finden können, versammeln sich im Luftraum um Tokio riesige Schwärme aus unzähligen Fliegen. Aus ihnen formen sich gigantische, hässliche Ungetüme.

Als alle Bemühungen, die Stadt zu verteidigen, scheitern, wird der junge Pilot Shu Aiba zur letzten Hoffnung im Kampf um das Überleben der Menschheit.