Matsunaga Tomomi und Mikage sind Zwillingsschwestern, doch sie sind völlig unterschiedliche Persönlichkeiten. Tomomi ist ein echter Wildfang mit kurzem Haar und einer Liebe für Sport, während sich Mikage deutlich femininer gibt und gern schöne Kleider trägt. Sie ist obendrein die bessere Schülerin, auch wenn sie hin und wieder den Chemieraum in die Luft sprengt.

Was die beiden einzigartig macht sind ihre übernatürlichen Kräfte. Sie können untereinander telepathisch kommunizieren, und wenn sie zusammen sind können sie sich sogar eine gewisse Strecke weit teleportieren - nützliche Fähigkeiten, von denen sie gerne und oft Gebrauch machen.

Miracle Girls erzählt einerseits von den Beziehungssorgen der beiden Mädchen, aber auch von den diversen Abenteuern in die sie auf Grund ihrer besonderen Kräfte häufig geraten.