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Kirk und die Enterprise-Mannschaft haben die Suche nach Mr. Spock erfolgreich abgeschlossen und befinden sich mit dem klingonischen Raumschiff "Bounty" auf dem Rückweg vom Planeten Vulkan. Plötzlich fängt die Crew einen Notruf von der Erde auf: Eine riesige Sonde, die unentschlüsselbare Signale sendet, nähert sich dem Heimatplaneten und zieht alle Energie von ihm ab - die Sternenflotten-Führung rechnet mit einer Katastrophe. Spock gelingt es, die fremde Botschaft zu identifizieren: Es handelt sich um die Gesänge der längst ausgestorbenen irdischen Buckelwale. Daraufhin beschließt Kirk, ins 20. Jahrhundert zurückzureisen und - gewissermaßen rückwirkend - einen Buckelwal zu retten, der mit der Sonde kommunizieren kann. Die "Bounty" landet im San Francisco der 80er und im Meeresbiologischen Institut entdecken Kirk, Spock und McCoy ein Walpärchen, das für ihre Zwecke geeignet wäre. Aber die merkwürdig gekleideten, etwas exzentrisch wirkenden Herren erregen das Misstrauen der Biologin Gillian Taylor. Die Mission kompliziert sich noch, als das Institut die Tiere freilässt: Im offenen Meer sind sie den Attacken eines Walfängers ausgesetzt ...