Immer dann, wenn Mitglieder der Navy oder der Marine in ein Verbrechen verwickelt sind, ist die Nacy CIS im Einsatz. Special Agent Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon) leitet das Ermittlerteam und wird unterstützt von Tony DiNozzo (Michael Weatherly) und Kate Todd (Sasha Alexander). Auch die Forensikerin Abby Sciuto (Pauley Perrette) und der Gerichtsmediziner Donald „Ducky“ Mallard (David McCallum) sind Teil der Truppe und helfen, zur Aufklärung und Spurensuche beizutragen.

Ob Mord oder Terrorismus, Spionage oder Entführung, die Navy CIS arbeitet stets hochkonzentriert, motiviert und am Ende erfolgreich.