Mit der Intensität eines Hollywood-Thrillers dokumentiert Sea of Shadows den Kampf um das Meer von Cortez. Bedroht durch illegalen Fischfang mexikanischer Drogenkartelle droht dieses Naturparadies zu kollabieren, was eine beispiellose Rettungsaktion für den Vaquita, den kleinsten Wal der Welt, zur Folge hat.

Was hat die chinesische Mafia mit Walen zu tun? Sie ist verwickelt in die Seewilderei im Golf von Kalifornien. Zusammen mit mexikanischen Drogenkartellen fängt sie dort einen seltenen Meeresbewohner: den Totoaba. Wenn der aber ausstirbt, sind die Vaquitas in Gefahr. Das ist eine Unterart der Wale. Biologen und Aktivisten sind alarmiert. Sie stellen sich gemeinsam gegen die Kriminellen. Sie wollen die Vaquitas retten - auch unter Lebensgefahr.